Chou-Fasman預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu).doc

Chou-Fasman預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu),Chou-Fasman預(yù)測方法-預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)。
預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)表格
預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)

方法是一種基單個氨基酸殘基統(tǒng)計的經(jīng)驗參數(shù)方法，由和在世紀年代提出來。通過統(tǒng)計分析，獲得的每個殘基出特定二級結(jié)構(gòu)構(gòu)的傾向性子，進而利用這些傾向性子預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)。每種氨基酸殘基出在各種二級結(jié)構(gòu)中傾向或者頻率是不同的，例如出在α螺旋中，和分布在轉(zhuǎn)角中，也常出在轉(zhuǎn)角中，但是絕不會出在α螺旋中。此，可以根據(jù)每種氨基酸殘基形二級結(jié)構(gòu)的傾向性或者統(tǒng)計規(guī)律進行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。另外，不同的多肽片段有形不同二級結(jié)構(gòu)的傾向。例如：肽鏈傾向形α螺旋，而肽鏈則不會形α螺旋
通過對大量已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)進行統(tǒng)計，為每個氨基酸殘基確定其二級結(jié)構(gòu)傾向性子。在方法中，這幾個子是α、β和，它們分別表相應(yīng)的殘基形α螺旋、β折疊和轉(zhuǎn)角的傾向性。另外，每個氨基酸殘基同時也有四個轉(zhuǎn)角參數(shù)，、+、+和+。這四個參數(shù)分別對應(yīng)每種殘基出在轉(zhuǎn)角第一、第二、第三和第四位的頻率，例如，脯氨酸約有出在轉(zhuǎn)角的第二位，然而出在第三位的幾率不足。根據(jù)α和β的大小，可將種氨基酸殘基分類，如谷氨酸、丙氨酸是最強的螺旋形殘基，而纈氨酸、異亮氨酸則是最強的折疊形殘基。除各個參數(shù)之外，還有一些其它的統(tǒng)計經(jīng)驗，如，脯氨酸和甘氨酸最傾向中斷螺旋，而谷氨酸則通常傾向中斷折疊��?br>下表中顯了預(yù)測方法中所用到的各種參數(shù)，其中參數(shù)值α、β和是分別在原有相應(yīng)傾向性子的基上乘以而得到的。

在統(tǒng)計得出氨基酸殘基傾向性子的基上，和提出了二級結(jié)構(gòu)的經(jīng)驗規(guī)則，其基本思想是在序列中尋找規(guī)則二級結(jié)構(gòu)的核位點和終止位點。在具預(yù)測二級結(jié)構(gòu)的過中，首先掃描待預(yù)測的氨基酸序列，利用一組規(guī)則發(fā)可能為特定二級結(jié)構(gòu)核區(qū)域的短序列片段，然后對核區(qū)域進行擴，不斷擴大核區(qū)域，直到二級結(jié)構(gòu)類型可能發(fā)生變化為止，最后得到的就是一段具有特定二級結(jié)構(gòu)的連續(xù)區(qū)域。下面是個簡的規(guī)則：
、α螺旋規(guī)則
沿著蛋白質(zhì)序列尋找α螺旋核，相鄰的個殘基中如果有至少個殘基傾向形α螺旋，即有個殘基對應(yīng)的α，則認為是螺旋核。然后從螺旋核向兩端延伸，直至四肽片段α的均值小為止。按上述方式找到的片段長度大，并且α的均值大β的均值，那么這個片段的二級結(jié)構(gòu)就被預(yù)測為α螺旋。此外，不容許在螺旋內(nèi)部出β，但可出在末端以及端的前三位，這也用終止螺旋的延伸。
、β折疊規(guī)則
如果相鄰個殘基中若有個傾向形β折疊，即有個殘基對應(yīng)的β，則認β為是折疊核。折疊核向兩端延伸直至個殘基β的均值小為止。若延伸后片段的β的均值大，并且β的均值大α的均值，則該片段被預(yù)測為β折疊。
、轉(zhuǎn)角規(guī)則
轉(zhuǎn)角的模型為四肽組合模型，考慮