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Chou-Fasman預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu).doc
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2021-06-29
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Chou-Fasman預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu),Chou-Fasman預(yù)測方法-預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)。
預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)表格
預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)
方法是一種基單個氨基酸殘基統(tǒng)計的經(jīng)驗參數(shù)方法,由和在世紀年代提出來。通過統(tǒng)計分析,獲得的每個殘基出特定二級結(jié)構(gòu)構(gòu)的傾向性子,進而利用這些傾向性子預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)。每種氨基酸殘基出在各種二級結(jié)構(gòu)中傾向或者頻率是不同的,例如出在α螺旋中,和分布在轉(zhuǎn)角中,也常出在轉(zhuǎn)角中,但是絕不會出在α螺旋中。此,可以根據(jù)每種氨基酸殘基形二級結(jié)構(gòu)的傾向性或者統(tǒng)計規(guī)律進行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。另外,不同的多肽片段有形不同二級結(jié)構(gòu)的傾向。例如:肽鏈傾向形α螺旋,而肽鏈則不會形α螺旋
通過對大量已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)進行統(tǒng)計,為每個氨基酸殘基確定其二級結(jié)構(gòu)傾向性子。在方法中,這幾個子是α、β和,它們分別表相應(yīng)的殘基形α螺旋、β折疊和轉(zhuǎn)角的傾向性。另外,每個氨基酸殘基同時也有四個轉(zhuǎn)角參數(shù),、+、+和+。這四個參數(shù)分別對應(yīng)每種殘基出在轉(zhuǎn)角第一、第二、第三和第四位的頻率,例如,脯氨酸約有出在轉(zhuǎn)角的第二位,然而出在第三位的幾率不足。根據(jù)α和β的大小,可將種氨基酸殘基分類,如谷氨酸、丙氨酸是最強的螺旋形殘基,而纈氨酸、異亮氨酸則是最強的折疊形殘基。除各個參數(shù)之外,還有一些其它的統(tǒng)計經(jīng)驗,如,脯氨酸和甘氨酸最傾向中斷螺旋,而谷氨酸則通常傾向中斷折疊?br>下表中顯了預(yù)測方法中所用到的各種參數(shù),其中參數(shù)值α、β和是分別在原有相應(yīng)傾向性子的基上乘以而得到的。
在統(tǒng)計得出氨基酸殘基傾向性子的基上,和提出了二級結(jié)構(gòu)的經(jīng)驗規(guī)則,其基本思想是在序列中尋找規(guī)則二級結(jié)構(gòu)的核位點和終止位點。在具預(yù)測二級結(jié)構(gòu)的過中,首先掃描待預(yù)測的氨基酸序列,利用一組規(guī)則發(fā)可能為特定二級結(jié)構(gòu)核區(qū)域的短序列片段,然后對核區(qū)域進行擴,不斷擴大核區(qū)域,直到二級結(jié)構(gòu)類型可能發(fā)生變化為止,最后得到的就是一段具有特定二級結(jié)構(gòu)的連續(xù)區(qū)域。下面是個簡的規(guī)則:
、α螺旋規(guī)則
沿著蛋白質(zhì)序列尋找α螺旋核,相鄰的個殘基中如果有至少個殘基傾向形α螺旋,即有個殘基對應(yīng)的α,則認為是螺旋核。然后從螺旋核向兩端延伸,直至四肽片段α的均值小為止。按上述方式找到的片段長度大,并且α的均值大β的均值,那么這個片段的二級結(jié)構(gòu)就被預(yù)測為α螺旋。此外,不容許在螺旋內(nèi)部出β,但可出在末端以及端的前三位,這也用終止螺旋的延伸。
、β折疊規(guī)則
如果相鄰個殘基中若有個傾向形β折疊,即有個殘基對應(yīng)的β,則認β為是折疊核。折疊核向兩端延伸直至個殘基β的均值小為止。若延伸后片段的β的均值大,并且β的均值大α的均值,則該片段被預(yù)測為β折疊。
、轉(zhuǎn)角規(guī)則
轉(zhuǎn)角的模型為四肽組合模型,考慮
預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)表格
預(yù)測方法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)
方法是一種基單個氨基酸殘基統(tǒng)計的經(jīng)驗參數(shù)方法,由和在世紀年代提出來。通過統(tǒng)計分析,獲得的每個殘基出特定二級結(jié)構(gòu)構(gòu)的傾向性子,進而利用這些傾向性子預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)。每種氨基酸殘基出在各種二級結(jié)構(gòu)中傾向或者頻率是不同的,例如出在α螺旋中,和分布在轉(zhuǎn)角中,也常出在轉(zhuǎn)角中,但是絕不會出在α螺旋中。此,可以根據(jù)每種氨基酸殘基形二級結(jié)構(gòu)的傾向性或者統(tǒng)計規(guī)律進行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。另外,不同的多肽片段有形不同二級結(jié)構(gòu)的傾向。例如:肽鏈傾向形α螺旋,而肽鏈則不會形α螺旋
通過對大量已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)進行統(tǒng)計,為每個氨基酸殘基確定其二級結(jié)構(gòu)傾向性子。在方法中,這幾個子是α、β和,它們分別表相應(yīng)的殘基形α螺旋、β折疊和轉(zhuǎn)角的傾向性。另外,每個氨基酸殘基同時也有四個轉(zhuǎn)角參數(shù),、+、+和+。這四個參數(shù)分別對應(yīng)每種殘基出在轉(zhuǎn)角第一、第二、第三和第四位的頻率,例如,脯氨酸約有出在轉(zhuǎn)角的第二位,然而出在第三位的幾率不足。根據(jù)α和β的大小,可將種氨基酸殘基分類,如谷氨酸、丙氨酸是最強的螺旋形殘基,而纈氨酸、異亮氨酸則是最強的折疊形殘基。除各個參數(shù)之外,還有一些其它的統(tǒng)計經(jīng)驗,如,脯氨酸和甘氨酸最傾向中斷螺旋,而谷氨酸則通常傾向中斷折疊?br>下表中顯了預(yù)測方法中所用到的各種參數(shù),其中參數(shù)值α、β和是分別在原有相應(yīng)傾向性子的基上乘以而得到的。
在統(tǒng)計得出氨基酸殘基傾向性子的基上,和提出了二級結(jié)構(gòu)的經(jīng)驗規(guī)則,其基本思想是在序列中尋找規(guī)則二級結(jié)構(gòu)的核位點和終止位點。在具預(yù)測二級結(jié)構(gòu)的過中,首先掃描待預(yù)測的氨基酸序列,利用一組規(guī)則發(fā)可能為特定二級結(jié)構(gòu)核區(qū)域的短序列片段,然后對核區(qū)域進行擴,不斷擴大核區(qū)域,直到二級結(jié)構(gòu)類型可能發(fā)生變化為止,最后得到的就是一段具有特定二級結(jié)構(gòu)的連續(xù)區(qū)域。下面是個簡的規(guī)則:
、α螺旋規(guī)則
沿著蛋白質(zhì)序列尋找α螺旋核,相鄰的個殘基中如果有至少個殘基傾向形α螺旋,即有個殘基對應(yīng)的α,則認為是螺旋核。然后從螺旋核向兩端延伸,直至四肽片段α的均值小為止。按上述方式找到的片段長度大,并且α的均值大β的均值,那么這個片段的二級結(jié)構(gòu)就被預(yù)測為α螺旋。此外,不容許在螺旋內(nèi)部出β,但可出在末端以及端的前三位,這也用終止螺旋的延伸。
、β折疊規(guī)則
如果相鄰個殘基中若有個傾向形β折疊,即有個殘基對應(yīng)的β,則認β為是折疊核。折疊核向兩端延伸直至個殘基β的均值小為止。若延伸后片段的β的均值大,并且β的均值大α的均值,則該片段被預(yù)測為β折疊。
、轉(zhuǎn)角規(guī)則
轉(zhuǎn)角的模型為四肽組合模型,考慮
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