siRNA Oligo 設(shè)計(jì)軟件設(shè)計(jì)原則

siRNA Oligo 設(shè)計(jì)軟件設(shè)計(jì)原則

1． 希望軟件可以在web 上使用。 即用戶可以訪問我們的網(wǎng)站， 輸入基因代

碼， 即可自行在網(wǎng)上設(shè)計(jì)siRNA Oligo。

2． 可參照的軟件形式： 見如下網(wǎng)站： i5h4u.cn

i5h4u.cn

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3． 希望能就每一個所指定的基因找到至少四對以上可合成的雙鏈RNA oligo。

4． 軟件設(shè)計(jì)中的幾個關(guān)鍵步驟如下：

A． 進(jìn)入Gene Bank 調(diào)出指定基因序列；

B． 根據(jù)特定的一些規(guī)則選出一個基因片段；

C． 再根據(jù)一些規(guī)則寫出正義和反義兩段各 21個堿基的序列；

D． 最后通過反轉(zhuǎn)，替代，空格得出最后結(jié)果。

具體設(shè)計(jì)原則：

1． 在所選基因的啟動子后 50-100個堿基自5’-端開始

2． 尋找基因序列中的23個堿基， 最好是5‘- AA（N19）TT -3’ （N是任何

堿基）

3． 如果找不到四個以上AA（N19）TT，則用 AA（N21）補(bǔ)足。 4． 如果找不到四個以上AA（N21）， 則用 NA（N21）補(bǔ)足。 5． 所選定序列中，G和C的數(shù)目的總和在總數(shù)（23）的35-55%. 6． 滿足以上1-5項(xiàng)要求的片段數(shù)目如果不足四個，將G和C的數(shù)目的總和放

寬至總數(shù)（23）的30-70%.

7． 選好上述序列后，以此確定所需合成雙鏈RNA oligo 的序列如下： 8． 正義序列 （N19）TT 與上述選定的23 個堿基序列中的第3-23個堿基相

同

9． 反義序列的3’----5’ 的序列與目標(biāo)序列中的第1-21個堿基互補(bǔ)， 即A變

成T，C變成G， T變成A， G變成C。

10． 將反義序列3’----5’ 改寫成 5’----3’.

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